A Szent Péter tiszteletére szentelt óbudai prépostságot a XI. században alapították, erről a legkorábbra datálható kőemlék-csoport is tanúskodik. Az alapító személyére vonatkozóan Szent István és Péter király neve merültek fel. A magyar krónikás hagyomány Istvánt tartja alapítónak, míg a Chronica Polorum utódját, Orseolo Pétert. Amennyiben a lengyel krónikának hiszünk, feltételezhetjük, hogy a prépostság utólag hamisította meg az alapítása körülményeit, tekintettel Péter későbbi rossz, és István jó hírére. A lengyel Geszta azt is említi, hogy a templom annak írása pillanatáig még nem készült el (1113 körül).
Az eddig meglelt teljes emlékanyag összeállítását nagyban hátráltatta az, hogy a prépostság igen korán, még a törökök bejövetele előtt romokban állt, és építőanyagait Buda különféle építkezéseihez széthordták, így azok egymástól meglehetősen távol lévő pontokról kerültek elő.
1471-ben a prépostság már biztosan romokban hevert, mert ebből az évből származik Karai László, óbudai prépost levele II. Pál pápához, amelyben engedélyt kér a templom köveinek Fehéregyházára való szállításához, ahol a pálosok építkezéseihez használták volna fel azokat. 1483-ban IV. Sixtus pápa engedélyt adott Mátyás királynak, hogy elbonthassák a templomot a Mária templom sekrestyéjének építkezése miatt, amely ugyanarra a helyre esett. A pálosok elmenekülése után építményeik anyagát a törökök széthordták a saját építkezéseikhez, ezért sok esetben budai török fürdő körül kerültek elő óbudai eredetű töredékek. 1627-ben a budaszentlőrinci pálos kolostor köveit a budai vár külső és belső erődítése céljából használták fel, amiért a budai vár területéről is kerültek elő ide tartozó emlékek.
Az épületből túlnyomórészt XII. századi kövek maradtak fenn. Ezeket II. Géza 1148-as adományához szokás kötni, és így a század közepére datálni. Anonymus Gallus megjegyzése alapján az is elképzelhető, hogy a templomot csak ekkor sikerült befejezni.
Az óbudai Fő téren 1935-ben találták meg a XIV. századi Szűz Mária prépostság templomának maradványait. A közel 70 m hosszú, 20 m széles, háromhajós gótikus csarnoktemplomnak ál-kereszthajója és sokszög záródású szentélyei voltak. Erzsébet királyné építtette, 1349-ben szentelték fel. Az új templomra azért volt szükség, mert a régebbi, XI. századi eredetű templomot a tatárok 1241-ben feldúlták. Valószínű tehát, hogy a tatárjárás után a templomot jelentősen nem újították fel, és az egészen a XV. század utolsó negyedéig romokban hevert, a XIV. századi templomtól észak-nyugati irányban, a mai Szentlélek téren.